ISSN: 1859-1531
BAN BIÊN TẬP

Tổng biên tập
GS.TSKH. Bùi Văn Ga

Phó Tổng biên tập
GS.TS. Trần Văn Nam

Trưởng ban biên tập
PGS.TS. Nguyễn Tấn Hưng

Cơ quan Đại học Đà Nẵng
41 Lê Duẩn, TP Đà Nẵng
Trường Đại học Bách khoa
54 Nguyễn Lương Bằng, Quận Liên Chiểu, TP Đà Nẵng
Trường Đại học Kinh tế
71 - Ngũ Hành Sơn - TP. Đà Nẵng
Trường Đại học Sư phạm
459 Tôn Đức Thắng - Liên Chiểu - Đà Nẵng
Trường Đại học Ngoại ngữ
131 Lương Nhữ Hộc, Đà Nẵng
Trường Đại học Sư phạm kỹ thuật
48 Cao Thắng - Đà Nẵng
Phân hiệu ĐHĐN tại KonTum
129 Phan Đình Phùng, Kon Tum
Khoa công nghệ thông tin và tuyền thông
Hòa Quý - Ngũ Hành Sơn - Đà Nẵng
Khoa Y Dược
Hòa Quý - Ngũ Hành Sơn - Đà Nẵng
Khoa Giáo dục Thể chất
62 Ngô Sỹ Liên, Liên Chiểu, Đà Nẵng
Khoa Quốc tế
41 Lê Duẩn, Đà Nẵng
Viện Nghiên cứu & Đào tạo Việt Anh
158A Lê Lợi
Trung tâm phát triển phần mềm
41 Lê Duẩn, Tp. Đà Nẵng
Trung tâm kiểm định chất lượng giáo dục
41 Lê Duẩn, Tp. Đà Nẵng
Trung tâm ngoại ngữ
131 Lương Nhữ Hộc, Tp Đà Nẵng
Trung tâm nghiên cứu phát triển quản trị và tư vấn doanh nghiệp
71 - Ngũ Hành Sơn - TP. Đà Nẵng
Tổng: 16,668,929
ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ CÁ MÚ CHẤM CAM E. COIOIDES (HAMILTON, 1822) TẠI QUẢNG NAM DỰA TRÊN KẾT QUẢ PHÂN TÍCH CHUỖI DNA CỦA VÙNG GIEN CYTOCHROME OXIDASE I DNA TY THỂ
GENETIC DIVERSITY OF THE ORANGE-SPOTTED GROUPER E. COIOIDES (HAMILTON, 1822) POPULATION IN QUANG NAM SEA BASED ON THE DNA ANALYSIS OF CYTOCHROME OXIDASE I DNA IN MITOCHONDRIAL THE GENETIC REGION
 Tác giả: Nguyễn Thị Tường Vi*, Đặng Thúy Bình, Trương Thị Oanh
Đăng tại: Vol. 17, No. 11, 2019; Trang: 44-47
Tóm tắt bằng tiếng Việt:
Mẫu cá mú chấm cam (Epinephelus coioides) được thu từ 2 khu vực: thảm cỏ biển ở cửa sông Thu Bồn và Cù Lao Chàm, Quảng Nam. Kết hợp với các trình tự từ GenBank, nghiên cứu khảo sát sự đa dạng và khác biệt di truyền và xây dựng mạng lưới haplotype. Kết quả cho thấy đa dạng di truyền quần thể cá mú ở Quảng Nam thấp (8 haplotype/60 cá thể, đa dạng haplotype (Hd = 0.338±0.079); quần thể Cù Lao Chàm có đa dạng di truyền cao hơn. Chỉ số Fst và mạng lưới haplotype cho thấy không có sự phân tách di truyền giữa quần thể cá mú ở cửa sông Thu Bồn và Cù Lao Chàm. So sánh với các quần thể ở khu vực châu Á, quần thể cá mú Quảng Nam thể hiện sự gần gũi với các quần thể cá ở Đông Nam Á, quần thể Trung Quốc, Đài Loan và Ấn Độ hình thành nhóm thứ 2. Nghiên cứu cung cấp thông tin để bảo tồn và quản lý các quần thể cá mú tự nhiên.
Từ khóa: COI mtDNA; đa dạng di truyền; Epinephelus coioides; Haplotype; cửa sông Thu Bồn
Abstract:
Orange-spotted grouper (Ephinephelus coioides) is high economic marine fish species with potential for sustainable aquaculture development. E. coioides (n=60) are collected from two locations: seagrass beds at Thu Bon estuary, and Cu Lao Cham, Quang Nam. Combined with GenBank sequencings, genetic diversity, population differentiation, and haplotype network are investigated. The results show that the genetic diversity of E. coioides population in Quang Nam is low (8 haplotypes/60 individuals, haplotype diversity (Hd = 0.338±0.079), in which Cu Lao Cham population has higher genetic diversity. Fst value and haplotype network show no genetic isolation between E. coioides populations at Thu Bon River and Cu Lao Cham. Compared to the Asian populations, E. coioides in Quang Nam show close relation to fish populations in Southeast Asia (Malaysia, Indonesia and Philippines and part from China. Chinese, Taiwanese and Indian populations have formed the second group.The study provides information for the conservation and management of natural grouper populations, and is used as a basis for breeding programs, contributing to the development of sustainable grouper culture.
Key words: COI mtDNA; genetic diversity; Epinephelus coioides; Haplotype; Thu Bon estuary.
Tài liệu tham khảo:
[1] Antoro S., Na-Nakorn U., Koedprang W. (2006) “Study of genetic diversity of orange-spotted grouper, Epinephelus coioides, from Thailand and Indonesia using microsatellite markers”. Marine Biotechnology, 8(1), 17–26.
[2] Bandelt H. J., Forster P., and Rohl A. (1999). “Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies”. Molecular Biology and Evolution, 16(1), 37–48.
[3] Coughlan J. P., Imsland A. K., Galvin P. T., Fitzgerald R. D., Naevda G., Cross T. F. (1998) “Microsatellite DNA variation in wild populations and farmed strains of turbot from Ireland and Norway: A preliminary study”. Journal of Fish Biology, 52(5), 916–922.
[4] Đặng Thúy Bình, Nguyễn Thị Bảo Châu, Bùi Kim Lý (2014). “Nghiên cứu cấu trúc quần thể loài cá trích Sardinella gibbosa Bleeker, 1849 (Clupeiformes: Clupeidae) tại vùng biển Việt Nam”. Tạp chí Sinh học, 36(1se), 180–188.
[5] Excoffier L., Lischer H. E. L. (2010). “Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows”. Molecular Ecology Resources, 10(3), 564–567.
[6] FAO, 2010. “Cultured Aquatic Species Information Programme, Epinephelus coioides”. FAO Fisheries and Aquaculture Department: Rome, Italy (2010) Available online: http://www.fao.org (accessed on 28 June 2011).
[7] Folmer O., Black M., Hoeh W., Lutz R., Vrijenhoek R. (1994) “DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates”. Molecular Marine Biology and Biotechnology, 3(5), 294–299.
[8] Hall T. A. (1999). “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT”. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95–98.
[9] Heemstra P. C., Randall J. E. (1993) FAO species catalogue. “Groupers of the world (Family Serranidae, Subfamily Epinephelinae), An annotated and illustrated catalogue of the grouper, rockcod, hind, coral grouper and lyretail species known to date”. FAO Fisheries Synopsis, 125, Vol. 16. Rome, FAO, 382 pages.
[10] IUCN red list of threatened species. IUCN: Cambridge, UK (2011) Available online: http://www.iucnredlist.org (accessed on 28 June 2011).
[11] Juario J. V., Duray M. N., Duray V. M., Nacario J. F. and Almendras J. M. E. (1985). “Breeding and larval rearing of the rabbitfish, Siganus guttatus (Bloch)”. Aquaculture, 44(2), 91–101.
[12] Kearse M., Moir R., Wilson A., Stones-Havas S., Cheung M., Sturrock S., et al. (2012). “Geneious Basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data”. Bioinformatics, 28(12), 1647–1649.
[13] Kohlmann K., Kersten P., Flajshans M. (2005) “Microsatellite-based genetic variability and differentiation of domesticated, wild and feral common carp (Cyprinus carpio L.) populations.” Aquaculture, 247(1-4), 253–266.
[14] Lind C. E., Evans B. S., Knauer J., Taylor J. J., Jerry D. R. (2009). “Decreased genetic diversity and a reduced effective population size in cultured silver-lipped pearl oysters (Pinctada maxima)”. Aquaculture, 286(1-2), 12–19.
[15] Nakabo, T. (Ed.) (2002). “Fishes of Japan: with pictorial keys to the species.” (Vol. 1). Tokai University Press.
[16] Nelson J. S. (1994). “Fishes of the World”. John Wiley and Sons: New York, NY, USA.
[17] Nguyễn Hữu Đại, Phạm Viết Tích (2013). “Hạ lưu sông Thu Bồn-Cửa Đại, tiềm năng sinh thái của Quảng Nam”,https://rungduabaymau.com/news/Kinh-te/Ha-luu-song-Thu-Bon-Cua-Dai-tiem-nang-sinh-thai-cua-Quang-Nam-490.html.
[18] Nguyễn Nhật Thi (1991). “Cá biển Việt Nam, Cá xương vịnh Bắc Bộ”. NXB Khoa học - Kỹ thuật, Hà Nội.
[19] T.T. Nguyen (2012). “Strong population genetic structure and its management implications in the mud carp Cirrhinus molitorella, an indigenous freshwater species subject to an aquaculture and culture-based fishery”. Journal of Fish Biology (2012) 80, 651–668
[20] Nguyễn Thị Tường Vi (2017). “Nguồn lợi cá trong các hệ sinh thái ở vùng biển ven bờ Quảng Nam – Đà Nẵng”. Luận án Tiến sĩ, Học viện Khoa học Công nghệ, 151 trang.
[21] Norris A. T., Bradley D. G., Cunningham E. P. (1999) “Microsatellite genetic variation between and within farmed and wild Atlantic salmon (Salmo salar) populations”. Aquaculture, 180(3-4), 247–264.
[22] Perez-Enriquez R., Takagi M., Taniguchi N. (1999) “Genetic variability and pedigree tracing of a hatchery-reared stock of red sea bream (Pagrus major) used for stock enhancement, based on microsatellite DNA markers”. Aquaculture, 173(1-3), 413–423.
[23] Rozas J., Sanchez-DelBarrio J. C., Messeguer X., Rozas R. (2003). “DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods.” Bioinformatics, 19(18), 2496-2497.
[24] Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. (2013). “MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis”. Version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30(12), 2725–2729.
[25] Wang L, Meng Z, Liu X, Zhang Y, Lin H. (2011) “Genetic diversity and differentiation of the orange-spotted grouper (Epinephelus coioides) between and within cultured stocks and wild populations inferred from microsatellite DNA analysis.”. International Journal of Molecular Sciences, 12(7), 4378-94.

BAN BIÊN TẬP

Tổng biên tập
GS.TSKH. Bùi Văn Ga

Phó Tổng biên tập
GS.TS. Trần Văn Nam

Trưởng ban biên tập
PGS.TS. Nguyễn Tấn Hưng

Cơ quan Đại học Đà Nẵng
41 Lê Duẩn, TP Đà Nẵng
Trường Đại học Bách khoa
54 Nguyễn Lương Bằng, Quận Liên Chiểu, TP Đà Nẵng
Trường Đại học Kinh tế
71 - Ngũ Hành Sơn - TP. Đà Nẵng
Trường Đại học Sư phạm
459 Tôn Đức Thắng - Liên Chiểu - Đà Nẵng
Trường Đại học Ngoại ngữ
131 Lương Nhữ Hộc, Đà Nẵng
Trường Đại học Sư phạm kỹ thuật
48 Cao Thắng - Đà Nẵng
Phân hiệu ĐHĐN tại KonTum
129 Phan Đình Phùng, Kon Tum
Khoa công nghệ thông tin và tuyền thông
Hòa Quý - Ngũ Hành Sơn - Đà Nẵng
Khoa Y Dược
Hòa Quý - Ngũ Hành Sơn - Đà Nẵng
Khoa Giáo dục Thể chất
62 Ngô Sỹ Liên, Liên Chiểu, Đà Nẵng
Khoa Quốc tế
41 Lê Duẩn, Đà Nẵng
Viện Nghiên cứu & Đào tạo Việt Anh
158A Lê Lợi
Trung tâm phát triển phần mềm
41 Lê Duẩn, Tp. Đà Nẵng
Trung tâm kiểm định chất lượng giáo dục
41 Lê Duẩn, Tp. Đà Nẵng
Trung tâm ngoại ngữ
131 Lương Nhữ Hộc, Tp Đà Nẵng
Trung tâm nghiên cứu phát triển quản trị và tư vấn doanh nghiệp
71 - Ngũ Hành Sơn - TP. Đà Nẵng
Tổng: 16,668,929